En el Refugio Nacional de Vida Silvestre (RNVS) Cipancí, y el Humedal Corral de Piedra se acordó aumentar su efectividad de manejo mediante la consolidación de un sistema interinstitucional de monitoreo de la calidad del agua, de conformidad a los lineamientos estratégicos de sus respectivos Planes Generales de Manejo. Esta priorización resulta del hecho que en este sector del río Tempisque se vierten contaminantes producto de la actividad agroindustrial como los ingenios azucareros, y los cultivos de caña de azúcar, melón y arroz. Hasta la fecha no se tienen ubicados los focos de contaminación puntual, las áreas posibles de contaminación difusa, y tampoco el contenido contaminante del agua, aspecto importante para la elaboración de políticas y estrategias tendientes a mitigar sus efectos en la vida humana y en los ecosistemas asociados al río Tempisque.