La cuenca del embalse Arenal es una zona de una compleja dinámica hídrica tanto lótica como léntica, que da origen a alrededor de 15 subcuencas de vital importancia no sólo desde la óptica ecológica, sino también desde la socioeconómica, particularmente para la generación de energía hidroeléctrica, riego, producción acuícola y turismo. Adicionalmente, contiene varios sitios RAMSAR, ratificándolos como ecosistemas acuáticos continentales de gran valor. Complementariamente, la cobertura boscosa en la cuenca y alrededores del embalse son de extrema importancia para la provisión de servicios ambientales cruciales como la regulación hídrica, retención de sedimentos y estabilidad del suelo. Esta zona abarca dos vacíos de conservación identificados en GRUAS II, identificados como Quebrada Tejona y Ríos La Unión. Sin embargo, se estima que otros sectores del área circundante al Embalse, así como el mismo sistema léntico del Embalse, eventualmente podrían complementar los esfuerzos de llenado de vacíos de conservación, comprendiendo así un área más extensa.
Esta zona además hospeda especies de fauna en peligro de extinción como el puma (Puma concolor), león breñero (Herpailurus yaguarondi), tigrillo (Leopardus wiedii), manigordo (Leopardus pardalis) y algunas con poblaciones reducidas como la nutria (Lontra longicaudis). Se reportan además 20 especies de aves acuáticas y se han identificado 29 especies de peces y 60 especies de zooplancton. La principal amenaza en la zona es el fuerte y espontáneo desarrollo de infraestructura poco ordenada.
Esta zona del Embalse, según el Acuerdo de Conservación de Bosques del II Canje de Deuda se ubica dentro del Área Geográfica de Intervención Zona Norte, tiene entre sus prioridades la conservación de sistemas de agua dulce, particularmente su dinámica hídrica y biológica, con miras a mejorar la integridad ecológica general de estos ecosistemas.
