Según el Acuerdo de Conservación de Bosques del II Canje de Deuda, el sitio del vacío de conservación identificado como Sistema Acuático Caño Negro se ubica dentro del Área Geográfica de Intervención Zona Norte. Esta región comprende tanto tierras bajas como altas, con hábitats únicos de importancia crítica. Entre esos hábitats críticos se encuentra gran cantidad de humedales palustrinos que incluyen sistemas lagunares bordeados por yolillales y por bosques anegados que sirven, entre otras muchas funciones ecológicas, como área de alimentación y reproducción para unas 240 especies de aves, entre ellas el Pato Real (Cairina moschata) y el Galán Sin Ventura (Jabiru mycteria), ambas en peligro de extinción. Dentro de esos sistemas acuáticos están los lóticos y lénticos asociados a Caño Negro, que se considera han sido sub-representados en el actual sistema de APs y definidos como prioridad en GRUAS II.
El sitio en sí consiste principalmente en sistemas lóticos y lénticos, incluyendo los humedales de Caño Negro. Estos humedales están parcialmente protegidos por el Refugio de Vida Silvestre Mixto Caño Negro, sin embargo para cubrir el vacío es necesario incluir zonas que no están protegidas (idealmente hasta el sector de Medio Queso) y que están quedando aisladas principalmente debido a la expansión de los monocultivos. La cobertura de la tierra aquí es de bosque primario y secundario, tacotales, humedales, pastos, plantaciones de cítricos y plantaciones forestales. Los vacíos incluyen además componentes terrestres de las unidades fitogeográficas UF01a y UF01b, según GRUAS II. Los poblados cercanos son Los Chiles, Santa Cecilia y Gallo Pinto. Esta zona está administrada por el Área de Conservación Arenal Huetar Norte (ACAHN), de acuerdo a la división administrativa del SINAC.
