El sitio de importancia para la conservación (SIC) identificado como Río Bongo-Arío se ubica dentro del Área Geográfica de Intervención Guanacaste; esta región está conformada por los ecosistemas forestales en la península de Nicoya y la región central y las tierras altas de la Cordillera Volcánica de Guanacaste. Las variaciones en la elevación, los suelos y las condiciones climáticas presentes favorecen la existencia de una alta diversidad de hábitats con aproximadamente 335.000 especies terrestres, que representan un 67% de las especies descritas para Costa Rica y un 2,6% de la biodiversidad mundial. Esta sobresaliente variedad de especies, tanto residentes como migratorias, incluye algunas que son raras, endémicas o se hallan en peligro de extinción.
Según la categorización del SINAC, el SIC Río Bongo-Arío es parte del Área de Conservación Tempisque (ACT) y forma parte de los vacíos lóticos identificados en GRUAS II. El río Bongo-Arío comprende las microcuencas del río Bongo y del río Arío y representan los sistemas ecológicos (SE) que corresponden sistemas ecológicos lóticos en riachuelos (área de drenaje < 200 km2) de una elevación menor a los 300 msnm, temporales y con una dinámica totalmente ribereña, así como un SE un poco más grande tipo quebrada (área de drenaje 201-700 km2) con una dinámica asociada a la dinámica marina al drenar directamente al RNVS Caletas.
Ambos SE alcanzan una longitud de 10.33 km y un área de drenaje mínimo de atención de 833 ha. Actualmente, la cobertura natural del área de drenaje consiste de potreros, bosque secundario, poca cobertura ribereña, arroz, melón y manglares. Los poblados más cercanos son Bajos Arío, Manzanillo, Coyote, Río Frío, Quebrada Nando, Bejuco, Cóbano y Jicaral con la actividad económicamente productiva más importante enfocada en la ganadería, el turismo, el arroz, el melón y la pesca.
Entre las fortalezas y oportunidades ha sido posible identificadas por parte del personal del ACT están: (1) colinda con el RNVS Caletas, (2) hay esfuerzos de conservación realizándose en el área, (3) buena relación con la parte privada, (4) protección del área para la captación de agua, (5) pocos propietarios con grandes extensiones de terreno y (6) hay presencia de áreas silvestres protegidas privadas aguas arriba.
Similarmente, algunas debilidades y/o las amenazas para tomar medidas de conservación son: (1) no hay estudios sobre el manto acuífero, (2) pocos estudios de biodiversidad, (3) falta información en las comunidades aledañas sobre la conservación de este sitio, (4) posible desarrollo turístico en el futuro, (5) posible disminución del agua por los proyectos y (6) alta tala en los alrededores de los ríos Bongo-Arío.
