Los lineamientos de la convocatoria del Segundo Canje de Deuda establecen que las organizaciones que deseen presentar propuestas deben inscribirse previamente en el registro de Entidades Elegibles. Solamente las organizaciones que envían su documentación durante el periodo reglamentario y cuya inscripción ha sido aprobada por el Comité de Supervisión podrán participar en las convocatorias.

Las siguientes organizaciones presentaron su candidatura y fueron aprobadas como Entidades Elegibles, lo cual las faculta a presentar propuestas ante el Segundo Canje de Deuda:
REGISTRO DE ENTIDADES ELEGIBLES DEL SEGUNDO CANJE DE DEUDA
1- Asociación Amigos de la Naturaleza del Pacífico Central & Sur (ASANA)

2- Asociación Cámara Nacional de Ecoturismo y Turismo Sostenible (CANAECO)

3- Asociación Centro Científico Tropical

4- Asociación Centroamericana para la Economía, la Salud y el Ambiente (ACEPESA)

5- Asociación Conservacionista Monteverde (ACM)

6- Asociación de Organizaciones del Corredor Biológico Talamanca Caribe

7- Asociación de voluntarios para el Servicio en las Áreas Protegidas (ASVO)

8- Asociación Preservacionista de Flora y Fauna Silvestre (APREFLOFAS)

9- Asociación Pro Desarrollo del Parque Nacional del Agua Juan Castro Blanco (APANAJUCA)

10- Asociación Pro Sostenibilidad de Parques Nacionales de las Siete Provincias (ProParques)

11- Centro Agrícola Cantonal de Puntarenas, Sede Jicaral

12- Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE)

13- Centro de Derecho Ambiental y de Recursos Naturales (CEDARENA)

14- Cooperativa de Electrificación Rural Los Santos (Coopesantos R.L.)

15- Corporación PANTHERA

16- Fundación Ambio

17- Fundación Centro de Gestión Tecnológica e Informática Industrial (CEGESTI)

18- Fundación Corcovado Lon Willing Ramsey Junior

19- Fundación Costarricense para la Protección de la Naturaleza en Guanacaste (FUNDECONGO)

20- Fundación de la UNED para el desarrollo y promoción de la educación a distancia (FUNDEPREDI)

21- Fundación de la Universidad de Costa Rica para la Investigación (FUNDEVI)

22- Fundación de Parques Nacionales

23- Fundación Ecotrópica

24- Fundación Keto

25- Fundación Neotrópica

26- Fundación para la Investigación y Preservación para el Bosque Lluvioso

27- Fundación para el Desarrollo Académico de la Universidad Nacional (FUNDAUNA)

28- Fundación para el Desarrollo de la Cordillera Volcánica Central (FUNDECOR)

29- Fundación para el desarrollo del Área de Conservación Arenal (FUNDACA)

30- Fundación para el equilibrio entre la Conservación y el Desarrollo (FUNDECODES)

31- Fundación para la Paz y la Democracia (FUNPADEM)

32- Instituto Centroamericano de Administración de Empresas (INCAE)

33- Instituto Monteverde

34- Instituto Nacional de Biodiversidad (INBio)

35- Leatherback Trust

36- Osa Conservation

37- Rainforest Alliance

38- Reforest The Tropics

39- Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN)

40- Universidad para la Cooperación Internacional (UCI)